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一 、 综合信息

中科院计算生物学重点实验室揭牌并举行学术委员会第一次会议

3月29日下午,中科院计算生物学重点实验室在上海生科院计算生物所正式揭牌。德国马普学会副主席Herbert Jaeckle教授、德国马普学会分子植物生理所所长Lothar Willmitzer教授、中科院副院长李家洋院士、中科院生命科学与生物技术局局长张知彬研究员、国际合作局局长吕永龙研究员,上海生科院副院长李林研究员、张旭研究员,重点实验室学术委员会主任陈晓亚院士、学术委员会委员中科院理论物理所孙昌璞院士,中国科技部国家遥感中心邵立勤教授,中科院昆明动物所张亚平院士、上海生科院健康所所长时玉舫研究员,上海生科院生化细胞所所长助理丁建平研究员,研究所领导金力、Andreas Dress、Klaus Gerwert、王学才及课题组长参加了揭牌仪式。揭牌仪式由计算所所长Andreas Dress教授主持。

张知彬局长代表中科院宣读了中科院计算生物学重点实验室成立的批文,李林副院长代表上海生科院宣读了重点实验室主任的批文。德国马普学会副主席Herbert Jaeckle教授和中科院副院长李家洋院士为实验室揭牌。两位领导在揭牌仪式上分别致辞,对实验室的成立表示热烈祝贺,对实验室建设提出了希望和要求。

重点实验室揭牌仪式之后,实验室学术委员会举行了首次会议。学术委员会主任陈晓亚院士主持了会议。会议首先听取了重点实验室主任金力教授所做的报告,之后,委员们围绕报告就加强重点实验室建设展开了认真的讨论。大家畅所欲言、各抒己见,为促进实验室发展建言献策,专家们建议,作为一个以计算生物学研究的重点实验室,一要保持自身特色,坚持以“干性”研究为主,注重加强与兄弟所的合作,努力为生命科学研究提供工具和方法。二要进一步凝练研究方向,聚焦重大科学问题,进一步提升研究工作的深度与力度。三要科学制定实验室发展规划,明确重点实验室发展路线图,力争尽早成为国家重点实验室。四要注重实验室研究工作的外部合作,积极拓宽实验室资金渠道,努力承担国家科研任务。五要进一步加强实验室人才队伍建设,以宽阔的视野引进人才,用多种方式培养人才,努力造就一支具有创新能力、引领学科发展的科研骨干队伍。(计算生物所)

德国马普学会副主席Herbert Jaeckle和中科院副院长李家洋共同为重点实验室揭牌

二、 实验室介绍

中科院计算生物学重点实验室于2009年12月29日批准成立。实验室现有4个研究室,共有15个研究课题组,高级研究人员15名,外籍科学家10名。

当今生命科学的发展已进入了一个新的阶段,这就是在分子水平上将不同的研究方法和技术有机结合来攻克生命科学难题,数理科学广泛而深刻地渗入生命科学研究的结果中,在新的高度上揭示生命的奥妙。这一进展把运用数学手段定量研究生命科学问题推进到了学科发展的前沿,并由此催生了一些新的学科如计算生物学等。

近年来,计算生物学研究已成为生命科学发展的前沿热点,受到了世界各国的普遍重视和生命科学领域科学家们的高度关注。计算生物学研究已成为推动生命科学发展的驱动力。依托于中科院—马普学会计算生物学研究所的计算生物学重点实验室,以数学为手段、计算机为工具,通过“干性”研究的方式探索生命科学的奥秘,实验室注重与中科院、生科院各兄弟研究所的紧密合作以及与马普学会各相关研究所的密切联系,集群体的智慧和力量,共同打造我国在计算生物学研究领域的发展竞争优势。 同时以重点实验室为合作交流平台, 提升与国内外学术交流的水平, 进一步加强计算生物学在国内研究领域的发展优势, 并在国际上力争进入计算生物学研究领域的前列。

三、 实验室结构

中科院计算生物学重点实验室主要实行室主任负责制和学术委员会评议制, 理事会由上海生科院、计算所领导组成,学术委员会从国内科学家中选聘组成,任期5年, 实验室设主任一名,副主任3名,主任助理1名,主任由依托单位计算生物学研究所所长担任, 副主任 由研究所副所长担任。

四、 现任领导

实验室主任: 金力 教授 中科院上海生科院计算生物学研究所
实验室副主任: A. Dress 教授 中科院上海生科院计算生物学研究所
实验室副主任: K. Gerwert 教授 中科院上海生科院计算生物学研究所
实验室副主任: M. Vingron 教授 中科院上海生科院计算生物学研究所

学术委员会主任:陈晓亚 中科院院士 中科院上海生命科学研究院院长

五、 学术委员会名单

主任:陈晓亚 教授,中国科学院院士,中国科学院上海生命科学研究院院长
委员:张亚平 中国科学院院士 中科院昆明动物研究所研究员,所长
       孙昌璞 中国科学院院士 中国科学院理论物理所研究员
       袁亚湘 研究员 中国科学院数学与系统科学研究院
       张 旭 研究员 中国科学院上海生命科学研究院, 副院长
       邵立勤 教授 中国科技国际遥感中心
       丁建平 教授 中国科学院上海生命科学研究院
       时玉舫 研究员 中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所, 所长
       朱新广 研究员 中国科学院上海生命科学研究所计算生物学研究所

六、 研究队伍

计算基因组学生物数学计算蛋白质科学计算系统生物学
金力 教授(主任)
李海鹏 研究员
唐  鲲 研究员
杨  劲 研究员
徐书华 研究员
Philipp KHAITOVICH 研究员
严  军 研究员

德乐思 教授 (副主任)
Stefan GRUNEWALD 研究员
NARDINI Christine 研究员

Gerwert Klaus 教授(副主任)
莫思奇 研究员
Frauke GRAETER 研究员

VINGRON Martin 教授(副主任)
朱新广 研究员


七、科研进展

Andrei Barysenka, Andreas W.M. Dress, Walter Schubert. An Information Theoretic Thresholding Method for Detecting Protein Colocalizations in Stacks of Fluorescence Images. Journal of Biotechnology (2010), doi:10.1016/j.jbiotec.2010.01.009

Leng Y, Chen J, Zhou B, Graeter F. Rupture Mechanism of Aromatic Systems from Graphite Probed with Molecular Dynamics Simulations. Langmuir, DOI: 10.1021/la1006007 (4.097)

Shuhua Xu, Daoroong Kangwanpong, Mark Seielstad, Metawee Srikummool, Jatupol Kampuansai, Li Jin, The HUGO Pan-Asian SNP Consortium. Genetic evidence supports linguistic affinity of Mlabri - a hunter-gatherer group in Thailand. BMC Genetics 2010, 11:18


八、 实验室现有主要仪器设备一览表

干性平台

项目 规格 项目 规格
Apple集群系统  16 Apple Xserve G5 server nodes  175 工作站  APPLE Mac MiNi, APPLE, IBM 
Linux集群系统  10万亿次, 233 计算节点  41笔记本 IBM, HP, APPLE
233 Linux服务器  IBM X3755, HP 35 打印机 HP LJ-1320N, HP LJ-2015D
Apple服务器  Apple Xserve  39 显示器 ACER, APPLE, LG
存储 Apple Xraid, IBM DS3200 7 机房制冷系统 Daikin,Haier
数据备份系统软件 BAKBONE 集群 UPS APC
网络交换机 CISCO catalyst    


湿性平台

项目 规格 项目 规格
超纯水系统  法国MILLIPOREMilli-Q  超低温冰箱  美国Thermo490L, -86o C 
分光光度计  美国NanoDropND-1000  基因扩增仪 美国BIO-RADPTC-200
芯片生物分析仪  美国AGILENTAGILENT 2100 荧光定量PCR仪 瑞士ROCHELightCyclerR 480
超低温冰箱  美国Thermo719型 -86oC卧式  荧光倒置显微镜 德国ZeissAxio observer Z1
超微量泵注射系统 美国WPIINJECTOR 2000 超微量泵注射系统 美国WPI单道注射2000&micro4
荧光分析仪 德国波恩大学二极管阵列分光光度计 小型自动加样工作站 德国Eppendorf EPMOTION 5070
微量分光光度计 美国NanDropND-1000 生物芯片分析仪 美国AGILENTAgilent 2100

实验室联系地址: 上海岳阳路320号 生科大楼303室 邮编: 200031
主任助理: 严军
联系电话: 021-5492 0474
秘书: 徐贤
联系电话: 021-5492 0452





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