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 胡黔楠 研究员 研究组长

电子邮件  :qnhusibs.ac.cn
联系电话  :
课题组主页:http://hulab.rxnfinder.org/


    研究方向  

(1) 细胞工厂设计

(2)合成生物学设计技术


    研究领域  

    胡黔楠课题组一直从事合成生物学设计技术平台构建研究,在生物合成反应数据、酶发现技术、生物合成途径设计、前体化合物生物合成潜力挖掘、生物合成目标化合物选择系统、微生物菌株优化、以及一站式设计技术集成等方面研究中取得了突出成绩,创建了一站式微生物细胞工厂设计技术体系。

    开发了数据驱动型一站式生物合成设计技术系统的RxnFinder,从50万多篇生物合成文献中提取了生物合成领域最全面的生物合成反应数据,收集了200,000多条生物合成反应。编写了多个独特的新分子、新反应、新酶、新途径、新菌株设计软件工具,初步构建了类似于有机合成领域SciFinder的生物合成领域数据和设计工具RxnFinder,开发的生化反应搜索工具曾收录于Elsevier公司。独创了基于生物合成反应分子结构转化的酶发现技术,该技术完全基于反应中分子结构的反应指纹特征变化,创建了基于反应指纹特征的反应相似性计算方法,开发了ECAssigner工具,该工具是一个完全基于生化反应化学结构的全自动在线服务器。创建了基于全面生物合成数据的途径设计和潜力挖掘方法BioSynther。


    获奖情况  

中国化学会优秀青年论文奖 (2004)
陈新民奖(2003)


    代表论文  

· Shaozhen Ding, Xiaoping Liao, Weizhong Tu,  Ling Wu, Yu Tian, Qiuping Sun, Junni Chen, Qian-Nan Hu*. EcoSynther: A customized platform to explore biosynthetic potential in E. coli. ACS Chemical Biology, 2017, 12(11):2823-2829.

· Deng, Zhe; WeiZhong, Tu; ZiXin, Deng*; Hu, Qian-Nan*. PhID: an open-access integrated pharmacology interactions database for drugs, targets, diseases, genes, side-effects and pathways. Journal of Chemical Information and Modeling, 2017, 57(10):2395-2400.

· Weizhong Tu,,,Qian-Nan Hu*. SynBioEcoli a comprehensive metabolism network of engineered E. coli in three dimensional visualization. Quantitative Biology. 2017, doi:10.1007/s40484-017-0098-1.

· Tu W Zhang HLiu JQian-Nan Hu. BioSynther: a customized biosynthetic potential explorerBioinformatics201632472-473.

· Caihua WangJuan LiuFei LuoQian-Nan Hu. Multi-fields model for predicting target-ligand interactionNeurocomputing, 2016, 206:58-65.

· Wang CHLiu JLuo FDeng ZXQian-Nan Hu. Predicting target-ligand interactions using protein ligand-binding site and ligand substructuresBMC Systems Biology20159S2.

· Qian-Nan Hu, Zhe Deng, Weizhong Tu, Xiaoyan Yang, Zhibin Meng, Zixin Deng and Juan Liu. VNP: Interactive Visual Network Pharmacology of Diseases, Targets and Drugs. CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology, 2014, 3, e105. 

· Jinmei Zhu, Chunfeng Wu, Xiaobing Li, Guisheng Wu, Shan Xie, Qian-Nan Hu, Zixin Deng, Micheal X. Zhu, Huairong Luo, Xuechuan Hong. Synthesis, biological evaluation and molecular modeling of substituted 2- butyryliocholine aminobenzimidazoles as new dual inhibitors of acetylchlinesterase and butyrylcholinesterase. Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2013, 21(14):4218-4224.

· Dong-Sheng Cao, Qing-Song Xu, Qian-Nan Hu, Yi-Zeng Liang. ChemoPy: freely available python package for computational biology and chemoinformatics. Bioinformatics, 2013, 29(8): 1092-1094.

 


    教育经历 & 学术背景  

2017.7-至今 中国科学院上海生命科学研究院 研究员
2014.12-2017.6 中国科学院天津工业生物技术研究所 研究员
2010.03-2014.11 武汉大学 副教授
2008.08-2010.02 日本 京都大学 生物信息中心 产官学连携研究员
2007.03-2008.07 美国 加州大学欧文分校 计算机学院 博士后
2004.10-2007.02 德国 爱尔兰根纽伦堡大学 计算化学中心 博士后
1993.09-2004.07 中南大学 学士、硕士、博士