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 Stefan Gruenewald 研究员 研究组长 博士生导师

电子邮件  :grunewaldsibs.ac.cn
联系电话  :021-54920459
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    研究方向  

(1)基于三元素、四元素的分裂系统
(2)网络的重构
(3)树的相容性理论


    研究领域  

1. 对乳房癌组织的微阵列数据进行聚类分析;
2. 对荧光成像数据深度的分析;
3. 酵母菌基因组中短重复蛋白质序列的多重序列比对;
4. 蛋白质结构预测。
系统发生方法和类似的组合技术可以应用于许多分子生物学的问题中。我们主要在系统发生学这个领域里研究证明一些组合定理,设计和应用一些新的算法,并通过在这些算法中输入各种生物数据以发现系统发生信息。同时,我们与其他生物学家合作研究实验数据并比较各种系统发生树的方法。我们对网状进化、系统发生网和怎样从小的系统发生结构(树或者网)构建大的系统发生结构(超级树和超级网络等)尤其感兴趣。目前, 我们正在设计一个线性规划的算法来比对不同的网络,如不同物种的蛋白质相互作用网络。


    获奖情况  


    代表论文  

1. Wolf, S. & Gruenewald, S. Sequence, Structure and Ligand Binding Evolution of Rhodopsin-Like G Protein-Coupled Receptors: A Crystal Structure-Based Phylogenetic Analysis. Plos One 10, e0123533 (2015).

2. Jialiang Yang, Stefan Gruenewald, Yifei Xu, Xiu-Feng Wan: Quartet-based methods to reconstruct phylogenetic networks. BMC Systems Biology 8: 21 (2014)

3. Jialiang Yang, Jun Li, Stefan Gruenewald, Xiu-Feng Wan. BinAligner: a heuristic method to align biological networks. BMC Bioinformatics. 2013, 14(Suppl 14):S8

4. Jialiang Yang, Stefan Gruenewald, Xiu-Feng Wan. Quartet-Net: A quartet-based method to reconstruct phylogenetic networks. Mol Biol Evol. 2013, 30(5): 1206-1217.

5. Grunewald S, Spillner A, Bastkowski S, Bogershausen A, Moulton V. SuperQ: Computing Supernetworks from Quartets. IEEE/ACM Trans. Comput. Biology Bioinform. 2013, 10(1): 151-160.

6. Li J, Roebuck P,Gruenewald S, Liang H. SurvNet: a web server for identifying network-based biomarkers that most correlate with patient survival data. Nucleic Acids Res. 2012, 40: W123-126.

7. Grunewald S, Koolen J, Moulton V, Wu T. The size of 3-compatible, weakly compatible split systems. J Appl Math Comput. 2012, 40: 249-259.

8. Grunewald S. Slim sets of binary trees. J Comb Theory A. 2012, 119(2): 323-330.

9. Yang J, Li J, Dong L,Gruenewald S. A heuristic algorithm to align protein interaction networks. J Biomath. 2011, 26(3): 569-575. 10. Ding Y,Gruenewald S, Humphries J. On agreement forests. J Comb Theory A. 2011, 118(7): 2059-2065.

11. Yang J, Li J, Dong L,Gruenewald S. Analysis on the reconstruction accuracy of the Fitch method for inferring ancestral states. BMC Bioinformatics. 2011, 12:18.

12. Grunewald S, Moulton V, Spillner A. Consistency of the QNet algorithm for generating planar split networks from weighted quartets. Discrete Appl Math. 2009, 157(10): 2325-2334.

13. Andreas WM Dress, Christoph Flamm, Guido Fritzsch, Stefan Gruenewald, Matthias Kruspe, Sonja J Prohaska and Peter F Stadler. Noisy: Identification of Problematic Columns in Multiple Sequence Alignments. Algorithms for Molecular Biology, 2008,3:7

14. Stefan Gruenewald, Peter J. Humphries and Charles Semple. Quartet Compatibility and the Quartet Graph. The Electronic Journal of Combinatorics, 2008,15:R103

15. Stefan Gruenewald, Kristoffer Forslund, Andreas Dress and Vincent Moulton. QNet: An Agglomerative Method for the Construction of Phylogenetic Networks from Weighted Quartets. Molecular Biology and Evolution, 2007,24(2):532-538


    教育经历 & 学术背景  

2001年4月—2001年10月 在比勒菲尔德大学“分析复杂生物资料”研究所里做博士后
2001年11月—2003年3月 在比勒菲尔德大学数学系里做博士后
2003年4月—2005年8月 在瑞典的马普萨拉林奈大学的分析复杂生物资料学科研究中心和新西兰的基督城的坎特伯雷大学做研究工作。
2005年9月—至今 到中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所做研究与教学工作